| _chrsmLength | TTProtoWithMap | protected |
| _index | TraitPrototype | protected |
| _isRegistered | TTProtoWithMap | private |
| _lociMapPositions | TTProtoWithMap | protected |
| _map | TTProtoWithMap | static |
| _mapIndex | TTProtoWithMap | protected |
| _mapResolution | TTProtoWithMap | protected |
| _numChromosome | TTProtoWithMap | protected |
| _numLoci | TTProtoWithMap | protected |
| _numLociPerChrmsm | TTProtoWithMap | protected |
| _paramPrefix | TTProtoWithMap | private |
| _paramSet | SimComponent | protected |
| _recombRate | TTProtoWithMap | protected |
| _recombRatePerChrmsm | TTProtoWithMap | protected |
| _totRecombEventsMean | TTProtoWithMap | protected |
| add_parameter(Param *param) | SimComponent | inlinevirtual |
| add_parameter(std::string Name, param_t Type, bool isRequired, bool isBounded, double low_bnd, double up_bnd) | SimComponent | inlinevirtual |
| add_parameter(std::string Name, param_t Type, bool isRequired, bool isBounded, double low_bnd, double up_bnd, ParamUpdaterBase *updater) | SimComponent | inlinevirtual |
| addGeneticMapParameters(string prefix) | TTProtoWithMap | |
| areGeneticMapParamSet(string prefix) | TTProtoWithMap | |
| clone()=0 | TraitPrototype | pure virtual |
| get_index() | TraitPrototype | inlinevirtual |
| get_name() | SimComponent | inlinevirtual |
| get_parameter(std::string name) | SimComponent | inlinevirtual |
| get_parameter_value(std::string name) | SimComponent | inlinevirtual |
| get_paramset() | SimComponent | inlinevirtual |
| get_type() const =0 | TraitPrototype | pure virtual |
| getMapIndex() | TTProtoWithMap | inline |
| has_parameter(std::string name) | SimComponent | inlinevirtual |
| hatch()=0 | TraitPrototype | pure virtual |
| isRecombinationFree(string prefix) | TTProtoWithMap | |
| loadFileServices(FileServices *loader)=0 | SimComponent | pure virtual |
| loadStatServices(StatServices *loader)=0 | SimComponent | pure virtual |
| loadUpdaters(UpdaterServices *loader) | SimComponent | inlinevirtual |
| recombine(unsigned long indID) | TTProtoWithMap | static |
| recordRandomMap() | TTProtoWithMap | |
| registerGeneticMap() | TTProtoWithMap | |
| reset() | TTProtoWithMap | virtual |
| reset_recombination_pointers() | TTProtoWithMap | |
| resetParameterFromSource(std::string param, SimComponent *cmpt)=0 | SimComponent | pure virtual |
| retrieve_data(BinaryStorageBuffer *reader)=0 | StorableComponent | pure virtual |
| set_index(int idx) | TraitPrototype | inlinevirtual |
| set_paramset(ParamSet *paramset) | SimComponent | inlinevirtual |
| set_paramset(std::string name, bool required, SimComponent *owner) | SimComponent | inlinevirtual |
| set_paramsetFromCopy(const ParamSet &PSet) | SimComponent | inlinevirtual |
| setGeneticMapParameters(string prefix) | TTProtoWithMap | |
| setMapIndex(unsigned int idx) | TTProtoWithMap | inline |
| setNumLociPerChromosome(string param_name) | TTProtoWithMap | |
| setParameters()=0 | SimComponent | pure virtual |
| setRecombinationMapFixed() | TTProtoWithMap | |
| setRecombinationMapNonRandom(vector< vector< double > > *lociPositions) | TTProtoWithMap | |
| setRecombinationMapRandom() | TTProtoWithMap | |
| SimComponent() | SimComponent | inline |
| store_data(BinaryStorageBuffer *saver)=0 | StorableComponent | pure virtual |
| TTProtoWithMap() | TTProtoWithMap | inline |
| TTProtoWithMap(const TTProtoWithMap &TP) | TTProtoWithMap | |
| TTraitWithMap class | TTProtoWithMap | friend |
| unregisterFromGeneticMap() | TTProtoWithMap | |
| ~SimComponent() | SimComponent | inlinevirtual |
| ~StorableComponent() | StorableComponent | inlinevirtual |
| ~TTProtoWithMap() | TTProtoWithMap | virtual |
